生理的な原因で起こる飛蚊症は、目の構造と密接な関係があります。目の中は空洞ではなく、透明なゲル状の硝子体という物質で満たされています。硝子体の成分は加齢とともに変化し、一部にしわのようなものができます。すると、この部分が濁ってその影が網膜に映り、視野の中で黒い点のように見えるのです。
また、加齢とともに硝子体が萎縮してしまうと、硝子体の後ろが網膜から剥がれてしまい、この部分が黒い点のように見えることもあります。このように生理的な原因の場合、飛蚊症は病気と言うより、老化現象のひとつなのです。そのため、生理的飛蚊症は、眼科でも有効な治療方法というものが確立されておらず、そのまま改善されずに少しずつ進行する場合が多いようです。