結膜炎を引き起こす細菌には、インフルエンザ菌、肺炎球菌、黄色ブドウ球菌、淋菌(りんきん)などがありますが、原因菌の多くは黄色ブドウ球菌です。
黄色ブドウ球菌は、健康な人ののどや鼻、皮膚、手指、毛髪、腸管などにも分布しています。感染力が弱いため、感染の危険は大きくありませんが、目にケガをしたとき、病気などで身体の抵抗力が落ちたとき感染しやすくなります。
また、乳幼児や学童期の原因菌はインフルエンザ菌が最も多いようです。発症時期は冬期が多く、感冒にかかった時に起こりやすいといわれています。肺炎球菌の場合は、インフルエンザ菌に比べて罹患年齢はやや高い傾向にあります。