薬物療法を行います。非結核性抗酸菌症のうち、一番多いといわれている『マック菌』が原因であると診断された場合、症状や肺の影が悪化してしまったら『クラリスロマイシン』と『抗結核薬』の２種類が処方されます。

これらの薬剤は、菌が培養されなくなってから一年という長期での服用が必要となります。菌が培養されなくなるまでは『リファンピシン』・『エタンブトール』・『クラリスロマイシン』と『ストレプトマイシン』または『カナマイシン』の筋肉注射が行われます。

初期の治療で改善されることもありますが、基本的には治療は長期にわたることが多いとされています。また、一度改善されても再度悪化することもあります。そのため、定期的にレントゲンでの経過を観察する必要があります。肺結核とは異なり、人から人に感染はしないので、隔離されるなど社会生活への影響はありません。