習慣流産の原因は、抗リン脂質抗体症候群や膠原病、ご夫婦の染色体異常、子宮異常、胎児染色体数的異常、内分泌異常などがあります。

内分泌異常には糖尿病、甲状腺機能低下症、多嚢胞性卵巣症候群が含まれているのですが、明確に原因とはされていません。

抗リン脂質抗体症候群は、自分の身体に対する抗体を作って自分を攻撃してしまう病気で、抗リン脂質抗体があると、胎盤の血管内で血栓を生成してしまい、胎児に栄養や酸素が届かなくなったり、胎盤の機能が低下して子宮内で胎児が死亡してしまうという流れを呈します。

膠原病も抗リン脂質抗体症候群と同様に、自己免疫疾患ですので、同じように血栓を形成し、結果胎児が死亡してしまいます。このように原因となる病気が分かる場合と、これらに含まれず原因が分からない場合の習慣流産があるのです。